当一个站点发布到web上之后，并不代表己经完成了所有的工作，可以高枕无优了，对一个站点管理的成功与否，才代表着是否完整地完成了电子商务站点的制作。通常在制作网页的时候。程序员们为了更好地对站点进行管理，都会或多或少地制作一些小工具来管理自己的网页，当然这些工具也可以在将来网站及网站设计页面升级时使用。
良好的管理手段与措施往往能够事半功倍，那么该如何系统地管理您的站点呢?首先是需要建立一个系统的目录结构。按照文件的类别，系统地建立文件的目录结构，如在该站点中，所有使用的文本资料建立一个叫data的目录、图形建立一个叫image的目录、源程序也建立一个目录、所有插入到该站点的控件也建立一个目录，并且最好是在做完这些工作以后，再写一个备忘录。除了这样做之外，还需要将所有的这些目录找个地方备份起来，无论是用cd-rom刻盘，还是用磁带机备份都可以，以便将来服务器系统出现问题时，可以恢复到最初的设置。
建立完这些目录后，就可将文件全部移到相应的目录里，然后还要更新程序代码，以能够反映出修改过后的最新路径。并且最好再在目录外部写一个文本文件，以说明每个目录的内容都是什么。
建议最好使用双服务器系统，也就是说一旦一台服务器出了问题，另外一台马上可以启用，这也是从安全的角度来考虑的。保密问题一直都是每个企业和企业网管所最关心的，尤其是对电子商务网站来讲就更为重要了。近年来，因特网的飞速发展也让很多网络上的高科技不法分子感到有机可乘。那些‘黑客’们个个身手不凡，连某国国防大楼的网站都不能幸免的被“黑”，国旗标识被换成了骷髅头。所以说，为了电子商务站点的安全，非常有必要使用多种安全保护措施来保护姑点。例如，对服务器的操作就没有专人，并且对每个访问权限都做到有效地管理，只有正确地输人密码、帐户名称才可以对服务器进行操作，且对服务器要要到多重口令管理及防火墙的设置，最好是每周自动生成一个密码。每个进人到网站的用户都应该留下其相应的资料作为备份，并且能够做到每次操作都有操作记录的保留，以便将来一旦网站发生问题时作为查找问题的参考依据。